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Historia de las parroquias en Acajutla, inicia por la antes llamada San Francisco de Asís y hoy San Juan María Vianney, comienza con los esfuerzos evangelizadores de la Fraternidad Franciscana y la iniciativa de laicos comprometidos con la causa. Los datos históricos de esta comunidad católica tienen sus orígenes desde la Colonia Española, cuando levanto su campamento en Acajutla para salir en busca de agua y mejores viviendas, todo el poder civil, militar y religioso a la entonces Villa del Espíritu Santo, más tarde La Santísima Trinidad de Sonsonate.
Los templos católicos que se construyeron en Acajutla, y sus alrededores fueron la iglesia del Barrio El Campamento dedicada a San Francisco de Asís (hoy llamada «San Juan María Vianney»); la Iglesia San Antonio de Padua (que actuó como sede por muchos años); la iglesia de Metalío (Patrono del cantón, San José Metalío) y ademas se habla de una ermita construida en los terrenos de la Cementera hoy terrenos de Comisión Ejecutiva Portuaria CEPA (llamada popularmente «María Estrella de Mar»).
Se ha investigado que en la ermita de la cementera se celebraban misas, bautizos y comuniones; presididas por sacerdotes Franciscanos que venían desde Sonsonate, desde 1950. Luego años mas tarde en la Iglesia San Francisco de Asís del Campamento (hoy San Juan María Vianney) se celebraban las fiestas de la Santísima Trinidad y las Ceremonias de la Semana Mayor.
